杰瑞(帕特·奥布莱恩 Pat O'Brien 饰)和洛克(詹姆斯·贾克内 James Cagney 饰)是青梅竹马的好友,从小玩到大的两人之间感情十分要好,遗憾的是,成年之后,个性迥异的两人走上了完全不同的道路。 杰瑞成为了一名虔诚的神甫而洛克则加入了黑帮,之后,逐渐话不投机的两人渐行渐远。在复杂凶险的帮派争斗之中,小有名气的洛克成为了同伙陷害的对象,为了保护信赖的朋友,意气用事的洛克犯下了杀人之罪被捉拿归案,等待着他的,将是死刑的判决。在监狱中,洛克和杰瑞重逢了,回顾过往展望未来,两人不胜唏嘘。与此同时,杰瑞向洛克提出了一个请求,杰瑞知道,善良的洛克一定会答应他的请求。
故事的设定发生在当下,变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击,而这一切的根源是“魔形女”瑞文(詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰)在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克(彼特·丁拉基 Peter Dinklage 饰)。在得知“幻影猫”(艾伦·佩吉 E llen Page 饰)利用穿越时空的能力帮助Blink(范冰冰 饰)等战友逃脱巨型机器人“哨兵”的追杀后,X教授(帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰)和万磁王(伊恩·麦克莱恩 Ian McKellen 饰)达成认同,决定让金刚狼(休·杰克曼 Hugh Jackman 饰)穿越回1973年,找到年轻的X教授(詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰)和年轻的万磁王(迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰)并说服他们一起阻止魔形女的行动。于是,金刚狼踏上了回到过去的旅程,但是命运会不会发生逆转,任何人都无从知晓。
自2002年X档案的六年后,前联邦探员丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)调任某教会医院担任医师,福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)则过着隐居的生活,继续着对超自然现象的关注。某天,FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内,维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪,其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫(Billy Connolly 饰)声称看到了犯罪画面,因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入,穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。